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與酶蛋白以共價(jià)鍵相連的稱為http://.（prosthetic group），用透析或超濾等方法不能使它們與酶蛋白分開；反之兩者以非共價(jià)鍵相連的稱為輔酶（coenzyme），可用上述方法把兩者分開。輔助因子有兩大類，一類是金屬離子，且常為輔基，起傳遞電子的作用；另一類是小分子有機(jī)化合物，主要起傳遞氫原子、電子或某些化學(xué)基團(tuán)的作用。
結(jié)合酶中的金屬離子有多方面功能，它們可能是酶活性中心的組成成分；有的可能在穩(wěn)定酶分子的構(gòu)象上起作用；有的可能作為橋梁使酶與底物相連接。輔酶與輔基在http://.中作為氫（H+和e）或某些化學(xué)基團(tuán)的載體，起傳遞氫或化學(xué)基團(tuán)的作用。體內(nèi)酶的種類很多，但http://.種類并不多，常見到幾種酶均用某種相同的金屬離子作為輔助因子的例子，同樣的情況亦見于輔酶與輔基，如3-磷酸http://.脫氫酶和http://.均以NAD+作為輔酶。酶催化反應(yīng)的http://.決定于酶蛋白部分，而輔酶與輔基的作用是參與具體的反應(yīng)過程中氫（H+和e）及一些特殊化學(xué)基團(tuán)的運(yùn)載。
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酶屬http://.，分子質(zhì)量至少在1萬以上，大的可達(dá)百萬。酶的催化作用有賴于酶分子的http://.及空間結(jié)構(gòu)的完整。若酶分子變性或亞基http://.均可導(dǎo)致酶活性喪失。一個(gè)值得注意的問題是酶所催化的反應(yīng)物即底物（substrate），卻大多為小分物質(zhì)它們的分子質(zhì)量比酶要小幾個(gè)數(shù)量級(jí)。
酶的活性中心（active center）只是酶分子中的很小部分，酶蛋白的大部分氨基酸殘基并不與底物接觸。組成酶活性中心的氨基酸殘基的側(cè)鏈存在不同的功能基團(tuán)，如-NH2。-COOH、-SH、-OH和http://.等，它們來自酶分子多肽鏈的不同部位。有的基團(tuán)在與底物結(jié)合時(shí)起結(jié)合基團(tuán)（binding group）的作用，有的在催化反應(yīng)中起http://.（catalytic group）的作用。但有的基團(tuán)既在結(jié)合中起作用，又在催化中起作用，所以常將活性部位的功能基團(tuán)統(tǒng)稱為必需基團(tuán)（essential group）。它們通過多肽鏈的盤曲折疊，組成一個(gè)在酶分子表面、具有三維空間結(jié)構(gòu)的孔穴或裂隙，以容納進(jìn)入的底物與之結(jié)合并催化底物轉(zhuǎn)變?yōu)楫a(chǎn)物，這個(gè)區(qū)域即稱為酶的http://.。
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而酶活性中心以外的功能集團(tuán)則在形成并維持酶的空間構(gòu)象上也是必需的，故稱為活性中心以外的必需基團(tuán)。對(duì)需要輔助因子的酶來說，輔助因子也是活性中心的組成部分。酶催化反應(yīng)的http://.實(shí)際上決定于酶活性中心的結(jié)合基團(tuán)、催化基團(tuán)及其空間結(jié)構(gòu)。
